وبلاگ

اشرشیا کلی های پاتوژن خارج روده ای
۱-۷-۴-۱-پاتوتیپ های اشرشیا کلی های پاتوژن روده ای
تاکنون چندین پاتوتیپ اشرشیا کلی اسهال زا در انسان و دام ها شناخته شده است (موری، ۱۳۸۹)
اشرشیا کلی انتروتوکسیژن (ETEC)¹
اشرشیا کلی انتروپاتوژن (EPEC)²
اشرشیا کلی انترواگرگتیو (EAEC)³
اشرشیا کلی انتروهموراژن (EHEC)⁴
۵ - اشرشیا کلی انتروانیواسیو (EIEC)⁵
۱-۷-۴-۲- پاتوتیپ اشرشیا کلی توکسین زای روده ای (ETEC)
اشرشیا کلی انتروتوکسیژن ETEC)) به سویه هایی از اشرشیا کلی اطلاق می گردد که قابلیت تولید حداقل یکی از دو نوع انتروتوکسین حساس به حرارت یا LT و مقاوم به حرارت یا ST را دارا می باشد. سویه های ETEC توسط پیلی های خاص به دیواره روده می چسبند و سپس از طریق توکسین باعث ایجاد اسهال می شوند. سویه های ETEC اولین بار در اسهال حیوانات و سپس در انسان نیز مشاهده شدند. این ارگانیسم تولید دو نوع انتروتوکسین می نماید که توسط ژن های موجود بر روی پلاسمید کد می شود و می تواند با تولید این انتروتوکسین باعث ترشح مایعات به داخل روده شده و اسهال آبکی ایجاد نماید. این سویه ها یکی از اصلی ترین عوامل اسهال در مسافران می باشند. سویه های ETEC هم در بزرگسالان و هم در کودکان به ویژه شیرخواران اسهال وبایی شکل به صورت اسپورادیک و اپیدمیک به وجود می آورد ولی شدت بیماری از وبا کمتر است گاستروانتریت ایجاد شده توسط گروه ETEC به واسطه تولید انتروتوکسین های حساس به حرارت LT-II,LT –I و مقاوم به حرارت ST می باشد LT-I از نظر ساختاری و عملکرد بسیار شبیه به کلراتوکسین بوده و عامل بیماری در انسان می باشد در حالی که LT-II عامل بیماری در انسان نیست. آب و مواد غذایی آلوده از مهمترین عوامل انتقال بیماری می باشد.^[۱۹]اسهال ایجاد شده توسطETEC خود محدود کننده می باشد و پس از دو یا سه روز بهبودی حاصل می گردد و موارد مرگ و میر صرفاً در کودکان شیر خوار در کشور های در حال توسعه مشاهده می شود.
۱-۷-۴-۳- پاتوتیپ اشرشیا کلی بیماری زا ی روده ای EPEC
اشرشیا کلی انتروپاتوژن (EPEC) عامل بیماری اسهال نوزادان در کشورهای در حال توسعه بوده و از قدیمی ترین پاتوتیپ های شناسایی شده اشرشیا کلی می باشند که در روده کوچک تکثیر یافته و اساساً باعث اسهال حاد و غیر خونی می گردند. اغلب عفونت های EPEC در طول سه سال اول زندگی رخ می دهد و سویه های EPEC به ندرت باعث اسهال بعد از یک سالگی می شود و تقریباً همه بیماران ۶ ماهه و یا کوچکتر می باشد. سویه های EPEC قبلاً با شیوع اسهال در شیرخواران کشورهای توسعه یافته در ارتباط بوده است. این ارگانیسم از طریق اتصال به دیواره روده باعث بهم ریختگی ساختار در سلول گردیده و منجر به ایجاد ضایعات هیستوپاتولوژیک A&E ^۱ در سطح روده می شود و با این عمل پدیده جذب و دفع روده مختل می گردد.
شایع ترین سروگروه های EPEC که عامل اصلی اسهال در انسان شناخته شده اند شامل O₁₄₂, O₈₅, O₈₆, O_111ab, O₁₁₉, O_125ac,O₅₅, O₁₂₇, O₁₂₆, O_128ab, O₁₁₄ می شود. انسان مخزن اصلی این پاتوتیپ ها بوده است و در سال ۱۹۹۵ این سویه ها به دو دسته ی مجزا تقسیم شده اند:
سویه های انتروپاتوژن تیپیک^۲ : به سویه هایی از سروگروپ های بالا اطلاق می شود که دارای دو ژن به نام های eae (ژن کدکننده پروتئین غشای خارجی) و bfp³ ( ژن کد کننده پیلی) می باشند.
سویه های انتروپاتوژن آتیپیک^۴ : به سویه هایی از سروگروپ های بالا اطلاق می شود که دارای ژن eae بوده و فاقد ژن bfp می باشند.
مطالعات اپیدمیولوژی بیانگر این امر می باشند که سویه های آتیپیک در کشورهای پیشرفته و صنعتی شایع هستند در حالیکه سویه های تیپیک در کشورهای در حال توسعه شیوع دارند. در کشور ما ایران مطالعات موجود نشان می دهد که سویه های تیپیک و هم آتیپیک از موارد اسهال جدا می شوند.^[۲۰]
۱-۷-۴-۴- پاتوتیپ اشرشیا کلی انترواگرگتیو(EAggEC)
پاتوتیپ اشرشیا کلی انترواگرگتیو عامل ایجاد اسهال آبکی پایدار نوزادان در کشورهای در حال توسعه و اسهال مسافرین در این کشورها است. این سویه ها به وسیله الگوی چسبندگی آجری شکل بی نظیری که طی ۶ ساعت بعد از کشت در سلول های کشت سلولHEP-2 ^۱ ایجاد می کنند، شناسایی می شوند. این فرایند توسط شماره یک چسبنده ایجاد کننده تجمع صورت می گیرد که باعث حفاظت از باکتری در برابر آنتی بیوتیک ها و فاگوسیتوز می شود(جودیت و مازنر، ۱۳۷۳; کوبین و همکاران، ۱۳۸۶). بنابراین می توان تست HEP-2 را به عنوان روش استاندارد طلایی برای شناسایی سویه هایی (EAggEC) دانست. این باکتری با CFA² مقاوم به قند مانوز مشخص می شود. این ارگانیسم ژن های eae را ندارد و ضایعات A&E را ایجاد نمی کنند.

سویه های (EAggEC) به عنوان یک پاتوژن نوظهور با شیوع روزافزون شناخته شده و همچنین به عنوان دومین عامل اتیولوژی از راه مدفوعی-دهانی انتقال می یابد و مکانیسم بیماری زایی پیچیده ای دارد. پاتوژنز این سویه ها شامل سه مرحله است:
اتصال به لایه موکوس روده توسط پیلی خاص (AAFs)³
تولید موکوس توسط باکتری و سلول های میزبان که باعث ایجاد بیوفیلم بر روی سطح، آنتروسیت های روده می شود.
تولید و آزادسازی توکسین های مختلف و بروز پاسخ های التهابی که در نهایت توکسیسیتی موکوس و ترشح روده را سبب می شود. این باکتری توکسین شبیه ST⁴ یا EAST⁵ و همولیزین تولید می کند.
۱-۷-۴-۵- پاتوتیپ اشرشیا کلی انتروهموراژیک (EHEC)
سویه های اشرشیا کلی انتروهموراژیک (EHEC) از جمله زیر گروه های اشرشیا کلی تولید کننده ی شیگا توکسین می باشند که باعث ایجاد کولیت هموراژیک^۶ و سندرم همولیتیک اورمیک در انسان می شوند. مهمترین سروتیپ شایع، O₁₅₇:H₇ می باشد که باعث اپیدمی و مرگ و میر می شود، از طرف دیگر سویه های تولید کننده شیگا توکسین دیگری هستند که به سروتایپ های دیگر متعلق می باشند.^[۲۱]
و اصطلاحاً به آنانNon O₁₅₇:H₇ می گویند. دام ها از مهمترین منابع عامل بیماری می باشند. یکی از فاکتورهای حدت سویه های (EHEC)، تولید توکسینی مشابه با شیگا توکسین است که دارای اثرات سیتوتوکسیک روی سلول های ورو می باشد به همین خاطر این ارگانیسم ها اشرشیا کلی تولید کننده وروتوکسین یا VTEC ^۱یا اشرشیا کلی تولید کننده ی شیگاتوکسین STEC²هم نامیده می شوند(واکر، ۱۳۸۶; ارن، ۲۰۰۶). مخزن اصلی سویه های VTEC مجاری معدی-روده ای گاو و دیگر حیوانات مزرعه و انسان است لذا آلودگی انسان با این سویه ها معمولاً مربوط به مصرف گوشت گاو آلوده یا نیم پز، شیر غیر پاستوریزه، آب و سبزیجات آلوده به مدفوع است. در سال های اخیر، تماس مستقیم یا غیر مستقیم با حیوانات یا مدفوع آنها به خصوص گاوها به عنوان مهمترین راه انتقال بیماری به انسان شناسایی شده است(بیسر و همکاران، ۱۹۹۳)^۳.
۱-۷-۴-۶- پاتوتیپ اشرشیا کلی انترواینواسیو(EIEC):
سویه های اشرشیا کلی انترواینواسیو، می توانند هم اسهال آبکی و هم اسهال خونی که شبیه دیسانتری می باشد ایجاد نمایند. سویه های (EIEC) از نظر خواص بیوشیمیایی، ژنتیکی و پاتوفیزیولوژی شبیه به سویه های شیگلا می باشند. این سویه ها، لیزین را دکربوکسیله نمی کنندو معمولاً لاکتوز را تخمیر نکرده یا دیر تخمیر می کنند. اکثر آن ها غیر متحرک هستند و آنتی ژن O مشابه با آنتی ژن های خاص شیگلا دارند. سویه های (EIEC) به واسطه ی خصوصیات تهاجمی داشتن شناسایی می گردند. سویه های اشرشیا کلی انترواینواسیو جزء سروتیپ های O₁₂₄, O₁₄₃, O₁₆₄ می باشند. این باکتری قادر است به اپی تلیوم روده بزرگ تهاجم نموده و آن ها را تخریب کند و موجب بیماری شود. در ابتدا اسهال آبکی است اما به زودی مشابه اسهال دیسانتری باسیلی شد و خون و موکوس در مدفوع دیده می شود(جودیت و مازنر، ۱۳۷۳; کوبین و همکاران، ۱۳۸۶).
۱-۸- عفونت های اشرشیا کلی های خارج روده ای
برخلاف اشرشیا کلی های مسئول بیماری های اسهالی، باکتری های خارج روده ای یا ExPEC⁴باکتری های کومنسال روده ی انسان و حیوانات هستند و تنها وقتی که وارد خون، مایع مغزی و نخاعی یا CSF یا مجاری ادراری شوند، به پاتوژن های حاد تبدیل می شوند. سویه های ExPEC منجر به سندرم های کلاسیک مثل UTI، باکتریمی یا مننژیت نوزادی می گردند. عفونت های ناشی از ExPEC به وسیله سه پاتوتیپ مجزا از اشرشیا کلی ایجاد می شوند :^[۲۲]

1. 1. اشرشیا کلی یوروپاتوژن UPEC))

1. 1. سویه های اشرشیا کلی مسئول در مننژیت نوزادی MAEC))

1. 1. سویه های اشرشیا کلی که سپتی سمی در انسان و حیوان ایجاد می کنند (تاج بخش، ۱۳۸۰; ژئوف و همکاران، ۱۳۸۳; دیویدسون، ۱۳۸۳)

۱-۸-۱-۱- باکتریوری و مننژیت اشرشیا کلی MAEC))¹
اشرشیا کلی یکی از بیشترین موارد باکتری های گرم منفی مسئول باکتریوری در انسان است. مننژیت های MAEC در هر گروه سنی رخ می دهند، عفونت های اولیه مننژیت نوزادی معمولاً از راه انتقال عمودی از مادر و در حین زایمان یا در موارد نادری از عفونت های بیمارستانی ناشی می شوند. مادامی که باکتریوری در خلال UTI رخ می دهد. خصوص هنگامی که انسداد مجاری ادراری وجود داشته باشد، باکتریوری گسترش یافته و منجر به مننژیت می گردد. سویه های MAEC معمولترین باکتری های گرم منفی هستند که می توانند سبب مننژیت در انسان گردند. در مننژیت های اشرشیا کلی فاکتور اتصالی اصلی برای اتصال باکتری به سلول های آندوتلیال مغز، فیمبریه S می باشد.
۱-۸-۱-۲- سپسیس^۲
سپسیس ناشی از اشرشیا کلی معمولاً به دنبال عفونت های UTI رخ می دهند و در زنان بیش از مردان دیده می شوند. در بیش از ۸۵ تا ۹۵ درصد بیماران مبتلا به سپسیس، بیماری های کبدی، بدخیمی های خونی، تومور و دیگر سرطان ها نیز رایج است. سپسیس و مننژیت اغلب ناشی از سویه های اشرشیا کلی دارای آنتی ژن کپسولی K₁ می باشند.
۱-۸-۱-۳- التهاب مثانه^۳
التهاب مثانه ناشی از اشرشیا کلی، معمولاً با سوزش حاد حین دفع ادرار و درد کمر مشخص می شود. در حالی که پیلونفریت، قسمت های بالاتر مجاری ادراری (کلیه ها و لگنچه )را درگیر می کند و ممکن است آرام یا با تهوع و استفراغ همراه با سپسیس رخ دهد.^[۲۳]
۱-۸-۱-۴- سپتی سمی
هنگامی که دفاع طبیعی بدن میزبان ضعیف است اشرشیا کلی به خون وارد شده و باعث سپتی سمی می شود. اشرشیا کلی ممکن است باعث آرتریت چرکی، آبسه های پیش کلیوی، اندوکارویت، استئومیلیت، سینوزیت، آبسه های مغزی، پنومونی و سایر عفونت ها شود.
۱-۸-۲- عفونت های مجاری ادراری UTI))
عفونت دستگاه ادراری یا UTI))، به حضور پاتوژن های میکروبی درون مجاری ادراری اطلاق می شود و یکی از شایعترین عفونت ها در بیماران سرپایی و یا بستری در بیمارستان است. اشرشیا کلی از مهمترین عوامل اتیولوژی UTI در انسان و تقریباً در تمام سنین محسوب می شود(ادیب فر، ۱۳۸۳). اشرشیا کلی یوروپاتوژن (UPEC)¹، بیشترین ارگانیسمی است که در عفونت های UTI یافت می شود و عامل ۸۰ درصد موارد UTI حاد دستگاه ادراری را تشکیل می دهد (استرایتون، ۱۳۷۳). سالیانه حدود ۱۵۰ میلیون نفر در دنیا به عفونت مجاری ادراری مبتلا می شوند و بیش از ۶ میلیون دلار هزینه بر اقتصاد کشور ها تحمیل می شود. فراوانی عفونت مجاری ادراری در زنان بیشتر از مردان می باشد به طوری که تقریباً نیمی از خانم ها حداقل یکبار در طول عمر خود، عفونت مجاری ادراری را تجربه کرده اند. مهمترین فاکتور تعیین کننده ی بیماری زایی سویه های UPEC توانایی اتصال آن ها به سلول های اپی تلیال روده از طریق ادهسین ها هست. فیمبریه های P مهمترین فاکتور ویرولانس این باکتری ها هستند. علاوه بر این، سویه های UPEC همچنین می توانند مولکول های چسبندگی غیر فیمبریه ای مانند Dr, AFA I, AFAII را نیز بیان کنند که همگی آنها به وسیله ژن های کروموزومی بیان می شوند. UPEC همچنین توکسین های Sat ^۲Cft I, ^۳ و همولیزین را تولید می کند(ادیب فر، ۱۳۸۳). باکتری ها معمولاً از سه طریق ممکن است به دستگاه ادراری وارد شوند که شامل : عفونت بالارونده، انتشار خونی و انتشار لنفاتیک می باشد. سویه های یوروپاتوژن اشرشیا کلی می توانند از طریق مجرای ادراری بالا رفته و باعث ایجاد عفونت گردند (ادیب فر، ۱۳۸۳; طباطبایی و فیروزی، ۱۳۸۴). عفونت مجاری ادراری معمولاً با عفونت مثانه شروع می شود اما اغلب با فرا گرفتن کلیه ها توسعه پیدا می کند و سرانجام ممکن است منجر به نارسایی کلیه ها و پیلونفریت شود و حتی ممکن است به خون هم راه یابد.^[۲۴]با توجه به افزایش خطر UTI در نوزادان، زنان باردار، افراد سالخورده، بیماران با آسیب های نخاعی، متعاقب استفاده از سوند ادراری، بیماران مبتلا به دیابت، مولتیپل اسکلروزیس و بیماران دچار نقص ایمنی درمان اولیه و کنترل بیماری دارای اهمیت خاصی است.
(تاج بخش، ۱۳۸۰; واکر، ۱۳۸۶). در عفونت های ادراری، انتخاب یک آنتی بیوتیک مناسب با کارایی و اثر بخشی بالا می باشد امروزه مسئله ی مقاومت های آنتی بیوتیکی در میان باکتری های پاتوژن به خصوص اشرشیا کلی به یک مشکل جدی تبدیل شده است (جاکلیک و آموس، ۱۳۸۷).
۱-۸-۲-۱- مقاومت های آنتی بیوتیکی
باکتری اشرشیا کلی به عنوان یک باسیل بی هوازی اختیاری فلور نرمال روده انسان و حیوانات است اکثر عفونت های ناشی از این باکتری در انسان به صورت فرصت طلب می باشد. اخیراً مقاومت دارویی اشرشیا کلی به چندین آنتی بیوتیک از دسته های دارویی مختلف مورد توجه قرار گرفته است. بتالاکتام ها بیشترین آنتی بیوتیک های مصرفی در درمان عفونت های باکتریایی می باشند. استفاده گسترده از این آنتی بیوتیک ها در باکتری های بیماری زا منجر به تولید و جهش دینامیک و مداوم بتالاکتاماز ها در این باکتری ها و افزایش طیف فعالیت آن ها در برابر آنتی بیوتیک های جدید شده است(بلانکو و همکاران، ^۱۱۹۹۸; بوش و جاکوبی، ^۲۱۹۹۷; هوتون، ۲۰۱۲)^۳. ژن های bla_TEM و bla_SHV از مهمترین اپرن های کد کننده بتالاکتاماز ها هستندکه محدوده طیف اثر وسیعی بر روی پنی سیلین ها و سفالوسپورین ها دارند. این بتالاکتاماز ها بر روی پلاسمید ها حمل می شوند، ژن TEM-1 اولین و رایج ترین بتالاکتاماز پلاسمیدی است که در سال ۱۹۶۰ مشخص گردید، این آنزیم سبب مقاومت به پنی سیلین و سفالوسپورین های اولیه نظیر سفالوتین و سفالوریدین می گردد. اشرشیا کلی به دلیل اکتساب پلاسمیدهایی که تولید بتالاکتاماز وسیع الطیف ESBL_s را کد می کند، به تعدادی از آنتی بیوتیک ها از جمله سفالوسپورین های وسیع الطیف مقاوم شده است، از این رو درمان عفونت های ناشی از این باکتری علی رغم آسان بودن تشخیص آزمایشگاهی آن با شکست روبرو می شود. ExPEC در سال ۲۰۰۰ به عنوان باکتری که در ایجاد مقاومت های آنتی بیوتیکی به خصوص در برابر سفالوسپورین ها و فلوروکینولون ها مهمترین نقش را دارد، معرفی شد. با توجه به اهمیت شیوع بالای اشرشیا کلی در عفونت های گوارشی و ادراری و همچنین بروز مقاومت آنتی بیوتیکی در گروه آنزیم های بتالاکتاماز وسیع الطیف که یکی از معضلات بهداشتی در سراسر دنیا و کشورمان طی سالیان اخیر می باشد.
ضرورت دارد که مقاومت های آنتی بیوتیکی بر روی عوامل بیماری های عفونی شناخته شود(پیت آئوت، ۲۰۱۲)^۴.^[۲۵]
۱-۸-۲-۲- مقاومت در اشرشیا کلی
درمان عفونت های گوارشی و خارج گوارشی اشرشیا کلی، با ظهور مقاومت های آنتی بیوتیکی در اواخر سال ۱۹۴۰ پیچیده تر شد. ظهور مقاومت در برابر سفالوسپورین ها، فلوروکینولون ها و تری متوپریم- سولفامتوکسازول، که اغلب جهت درمان عفونت های عمومی و بیمارستانی اشرشیا کلی استفاده می شد، درمان موثر این بیماری ها را به تاخیر انداخت و متعاقباً منجر به افزایش واگیری و مرگ و میر بیماران در اثر این عفونت ها گردید. تا سال ۱۹۹۰، سویه های، اشرشیا کلی به آنتی بیوتیک های نسل اول حساس بودند تا وقتی که چندین مطالعه در سال ۲۰۰۰ در سطح اروپا و آمریکا ی شمالی و جنوبی افزایش ۲۰تا ۴۵ درصدی مقاومت به آنتی بیوتیک های نسل اول را در میان سویه های اشرشیا کلی را نشان داد. در اشرشیا کلی ایجاد مقاومت های چندگانه ی آنتی بیوتیکی می تواند در اثر کسب پلاسمیدهای مقاومت رخ دهد. مکان این مقاومت ها بر روی کروموزوم اشرشیا کلی با نام marA¹ معین می شود که پمپ جریان acr AB و دیگر ژن ها را بیان می کند و منجر به مقاومت به طیف وسیعی از آنتی بیوتیک ها شامل تتراسایکلین، کلرامفنیکل، β-لاکتام ها و نالیدیکسیک اسید می گردد.
مقاومت به آنتی بیوتیک های β- لاکتام در این باکتری، در بیشتر موارد ناشی از تولید انواع مختلف آنزیم های بتالاکتامازی می باشد که قادر به غیر فعال سازی سفالوسپورین های نسل های جدیدترهستند. بتالاکتامازهای با طیف وسیع ESBL_s به دنبال یک موتاسیون در آنزیم های اجدادی bla_TEM و bla_SHV ایجاد می شوند و غالباً وابسطه به پلاسمید هستند. اخیراً بتالاکتاماز جدیدی به نام CTX-M به طور اختصاصی در سویه های اشرشیا کلی شناسایی شد و باعث ایجاد مقاومت به طیف خاصی از آنتی بیوتیک ها در این باکتری گردید. انتشار ESBL_s ها در ورود مقاومت هایی با طیف وسیع در میان جمعیت های اشرشیا کلی به عنوان مشکل بالینی بسیار مهم مطرح شده و باعث نگرانی درمان عفونت های ناشی از این باکتری گردیده است از سوی دیگر اشرشیا کلی به راحتی پلاسمیدهای R² را به باکتری های روده ای دیگر مانند کلبسیلا، شیگلا، سالمونلا و انتروباکتر منتقل می کند(جانسون و همکاران، ۲۰۰۵; پیت آئوت و همکاران، ۲۰۰۹; اسلیمن، ۲۰۰۰).^[۲۶]
۱-۸-۲-۳- فیلوژنتیک اشرشیا کلی
فیلوتایپینگ و آنالیز فیلوژنی جدایه های اشرشیا کلی روشی جهت تعیین سیر تکاملی و قابلیت بیماری زایی این باکتری است. بررسی های انجام شده بر روی سیر تکاملی و تغییرات ژنتیکی اشرشیا کلی نشان می دهد این باکتری از نظر ساختار ژنتیکی به میزان کمی در معرض تغییرات ناشی از نوترکیبی ژنتیکی است این ویژگی اشرشیا کلی باعث شده است که در بررسی پلی مورفیسم داخل گونه ای کاربرد فراوان پیدا کند. برخی از محققین اعتقاد دارند که سویه های بیماری زای این باکتری از سویه های فرصت طلب منشاء گرفته اند. بدین معنی که این باکتری ها به دنبال موتاسیون و یا با اکتساب اپرن های حدت کروموزومی و یا پلاسمیدی قابلیت بیماری زایی را بدست می آورند، که نتیجه آن حضور کلون های مختلف بیماری زا در جمعیت های اشرشیا کلی است.
در ارزیابی تکامل ژنتیکی اشرشیا کلی، بررسی های فیلوژنتیکی از اهمیت خاصی برخوردار است که با روش های PCR، مولتی لوکوس آنزیم الکتروفورزیس^۱و ریبوتایپینگ^۲ صورت می گیرد. شناسایی گروه فیلوژنی سویه های اشرشیا کلی به روش PCR، به واسطه تعیین حضور ژن های chuA, yjaA و همچنین قطعه ای از DNA تحت عنوان TSPE4.C2 امکان پذیر می گردد. ارتباط فیلوژنتیکی سویه های ECOR (مجموعه سویه های رفرانس اشرشیا کلی)^۳ نشان می دهد که سویه های اشرشیا کلی در چهار گروه اصلی فیلوژنیA, B1,B2, D قرار می گیرند. به طور کلی به منظور افزایش دقت گروه بندی فیلوژنی و بر اساس حضور یا عدم حضور ژن های chuA, yjaA و قطعه TSPE4.C2 هفت گروه و تحت گروه فیلوژنی در سویه های اشرشیا کلی تعریف شده است :(A₁, A₂, B1₁, B2₁, B2₂, D₁, D₂ ).
سویه های فیلوژنتیکی همچنین از نظر اندازه ژنوم با یکدیگر تفاوت دارند به طوری که ژنوم سویه های موجود در گروه های فیلوژنتیکی A, B1 نسبت به ژنوم سویه های موجود در گروه فیلوژنتیکی B2, D کوچکتر می باشد. بررسی های فیلوژنتیکی بر روی سویه های اشرشیا کلی مولد بیماری های خارج گوارشی در انسان نشان می دهد که آن ها عمدتاً متعلق به گروه B2 بوده و تعداد کمی از آن ها در گروهD قرار می گیرند این سویه ها از نظر حضور ژن های وابسطه به حدت از سویه های فرصت طلب انسانی متفاوتند(موری، ۱۳۸۹; دیوریز و همکاران، ۲۰۰۱; اسکوبار و همکاران، ۲۰۰۶).^۵،۴[۲۷]
۱-۹- عوامل بیماری زایی (ویرولانس در اشرشیا):