نمودار۴-۱: فراوانی سرطان های Intestinal (19 نفر)و diffuse (12 نفر) در بیماران آلوده به هلیکوباکتر پیلوری در جمعیت A
نمودار ۴-۲: فراوانی سرطان های Intestinal (17 نفر) و diffuse (11 نفر) در مبتلایان به هلیکوباکتر پیلوری درجمعیت B
۴-۲-۲- مصرف الکل
آنالیز داده ها نشان میدهد که در هر دو جمعیت A و B بین مصرف الکل و خطر ابتلا به سرطان معده ارتباط معنی داری وجود دارد. (نمودار ۴-۳ و ۴-۴)
(۱ = df ,016/0 =P ,809/0-123/0 =%95CI , 316/0 =OR : A جمعیت )
(۱ = df ,043 /0 =P , 968/0-145/0 =%95CI , 374/0 =OR B: جمعیت)
نمودار۴-۳: فراوانی افراد الکلی و غیر الکلی در گروه بیمار و شاهد در جمعیت A
نمودار ۴-۴: فراوانی افراد الکلی و غیر الکلی در گروه بیمار و شاهد در جمعیتB
۴-۲-۳- ازدواج فامیلی والدین
آنالیز آماری داده ها در این مطالعه نشان میدهد که ازدواج فامیلی والدین در بیماران جمعیت A (1 = df ,012/0 =P ,947/0-105/0 =%95CI , 319/0 =OR) به طور معنی داری بیشتر از گروه شاهد است، اما در جمعیت B (1 = df ,082/0 =P , 12/1-136/0 =%95CI , 391/0 =OR) ارتباط معنی داری وجود ندارد. نمودار (۴-۵ و ۴-۶).
نمودار ۴-۵: فراوانی ازدواج فامیلی و غیر فامیلی والدین در گروه بیمار و شاهد جمعیت A
نمودار ۴-۶: فراوانی ازدواج فامیلی و غیر فامیلی والدین در گروه بیمار و شاهد جمعیت B
۴-۲-۴- سابقه سرطان در خانواده (اقوام درجه یک)
آنالیز آماری دادهها در این مطالعه نشان میدهد که سابقه سرطان در خانواده با خطر ابتلا به سرطان معده در جمعیت A (1 = df ,887/0 =P ,20/10-608/0 =%95CI , 883/0 =OR) و جمعیت B، (۱ = df ,895/0 =P ,002/11-070/0 =%95CI , 890/0 =OR) ارتباط معنی داری را نشان نمیدهد.
۴-۳- بررسی کیفیت DNA استخراج شده
پس از اتمام استخراج DNA نمونههای خون افراد بیمار و شاهد، ۳ میکرولیتر از DNA جهت تائید کیفیت آن بر روی ژل آگارز ۱ % الکتروفورز شد. همان طور که در شکل ۴-۱ مشخص است، پس از الکتروفورز یک باند شارپ در بالای ژل دیده میشود که نشان دهنده کیفیت مناسب DNA استخراج شده است.
شکل ۴-۱: الکتروفورز DNA استخراج شده بر روی ژل آگارز ۱ درصد. چاهکهای مختلف نشان دهنده DNA نمونههای مختلف میباشد.
۴-۴- تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1
به منظور تکثیر ناحیه ی پروموتر ژن GKN1، از تکنیک PCR استفاده شد، که با دو جفت پرایمر، دو ناحیه همپوشان پروموتری تکثیر شد که به صورت GKN1A و GKN1B نام گذاری شد. پس از الکتروفورز بر روی ژل آگارز همان طور که انتظار میرفت به ترتیب قطعاتbp 628 و bp 390 برای GKN1A و GKN1B مشاهده شد. (شکل ۴-۲ و ۴-۳ ).
شکل ۴-۲: تکثیر بخشی از ناحیه پروموتری ژن GKN1 (GKN1A). باندbp 628 نشان دهنده قطعه تکثیر شده ی مورد نظر است (چاهکهای ۲ تا ۷ ) و چاهک شماره ۱ نیز Ladder DNA bp 100 را نشان میدهد. چاهک شماره ۸ کنترل منفی PCR است.
شکل ۴-۳: تکثیر بخشی از ناحیه پروموتری ژن GKN1 (GKN1B). باند ۳۹۰ نشان دهنده قطعه تکثیر شده ی مورد نظر است (چاهکهای ۲تا ۷) و چاهک شماره ۱ نیز Ladder DNA bp 100 را نشان میدهد.
۴-۵- شناساییSNP های ناحیه پروموتری ژن GKN1
پس از بررسی و مقایسه نتایج توالی یابی مشخص شد که دو SNP در ناحیه پروموتری این ژن وجود دارد (شکل ۴-۴). با جستجو در سایت NCBI مشخص شد که یکی از آن ها rs 4575760 واقع در جایگاه ۲۶۷- است که ژنوتیپهای آن به صورت TT،. TC و CC میباشد (شکل ۴-۵) و دیگری مطابق باrs 4072127 واقع در جایگاه ۵۵۷- پروموتر ژن GKN1 میباشد که به صورت TT، TC و CC میباشد شکل (۴-۶).
شکل ۴-۴ : مقایسه توالی ناحیه پروموتر ژن GKN1 با نرم افزار SeqMan SNP در جایگاه ۴۰۶ مشخص شده است.
شکل ۴-۵: ژنوتیپهای مختلف در SNP rs 4557760 در پروموتر ژن GKN1 در این جایگاه فرد A و B ژنوتیپ TC، نشان میدهد.
شکل۴-۶ :ژنوتیپهای مختلف در SNP 72127 rs 40 در پروموتر ژن GKN1. در این جایگاه فرد A ژنوتیپ TC، فرد B ژنوتیپ CC را نشان میدهد.
۴-۶- تعیین ژنوتیپ SNPبا شناسههای rs4575760 وrs4072127 با تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR
ژنوتیپ پلیمورفیسمهای تک نوکلئوتیدی rs4575760 و rs4072127 در مابقی نمونههای بیمار و کنترل با تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR تعیین شد همانطور که در شکل ۴-۷ مشخص است برای تعیین ژنوتیپ rs4575760، باند bp422 در همه نمونه ها باید وجود داشته باشد که نشان دهنده صحت PCR انجام شده است. اما افرادی که علاوه بر این، دارای باند bp 273 نیز هستند، یعنی ژنوتیپ آن ها در این SNP، CC است. افرادی که علاوه بر باندهای bp 422 و bp 273 دارای باند bp 206 نیز باشند ژنوتیپ آن ها TC و اگر فردی فقط دو باند bp 422 و bp 206 را داشته باشد TTمیباشد.
همچنین برای تعیین ژنوتیپ rs4072127، باند bp 565 نشان دهنده صحت PCR میباشدکه باید در همه نمونهها وجود داشته باشد. اما افرادی که علاوه بر این، دارای باند bp 344 نیز هستند یعنی ژنوتیپ آن ها در این SNP، TT است. افرادی که علاوه بر باندهای bp 565 و bp 344 دارای باند bp 273 نیز باشند ژنوتیپ آن ها CT و اگر فردی فقط دو باند bp 565 و bp 273 را داشته باشد CC میباشد. (شکل ۴-۸).
قابل ذکر است که ژنوتیپهای مختلف از نمونههای توالی یابی شده، با تکنیک Tetra Primer ARMS-PCR نیز بررسی شدند. هم پوشانی نتایج توالی یابی و Tetra PrimerARMS PCR تایید کننده صحت نتایج به دست آمده میباشد.
شکل۴-۷: تعیین ژنوتیپ SNP با شناسه ۴۵۵۷۷۶۰ rs ژن GKN1 با تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR، ژنوتیپهای TC (چاهکهای ۱ و ۲)، ژنوتیپ CC (چاهک ۴) و ladder bp DNA 100 نیز در چاهک ۳ دیده میشود.
شکل۴- ۸: تعیین ژنوتیپ SNP با شناسه ۴۰۷۲۱۲۷ rsژن GKN1 به کمک تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR، ژنوتیپهای TC (چاهکهای ۴ و ۵)، ژنوتیپ CC (چاهک ۳) و ladder bp 100 نیز در چاهک ۱ دیده میشود.
۴-۷- بررسی ارتباط پلی مورفیسم rs 4575760 ژنGKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده
در این مطالعه پلی مورفیسم rs 4575760 ژن GKN1 به عنوان فاکتور خطر در استعداد ابتلا به سرطان معده مورد مطالعه قرار گرفت و مشخص شد این پلی مورفیسم با خطر ابتلا به سرطان معده ارتباط معنی داری نشان میدهد (۱ = df ,032/0 =P ,930/0-193/0 =%95CI , 42/0 =OR) فراوانی ژنوتیپهای TT، CC و TC در گروه بیمار به ترتیب ۶/۵۹%، ۷/۵% و ۶/۳۴% و در گروه کنترل به ترتیب ۴/۳۸%، ۶/۷% و ۸/۵۳% نفر میباشند که در جدول ۴-۳ نشان داده شده است. قابل ذکر است توزیع ژنوتیپهای rs 4575760 در جمعیت شاهد (۲ =df ,05/0 < p , ۰۵/۰ =۲χ ) و بیمار (۲ =df ,۹۹/۵ =p , ۰۵/۰ =۲χ) از تعادل هاردی - واینبرگ تبعیت میکند.
۴-۸- بررسی ارتباط پلی مورفیسم rs 4072127 ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده
در این مطالعه پلی مورفیسم rs4072127 پروموتر ژن GKN1 به عنوان فاکتور خطر در استعداد ابتلا به سرطان معده مورد مطالعه قرار گرفت و مشخص شد این پلی مورفیسم با خطر ابتلا به سرطان معده ارتباط معنی داری نشان نمیدهد (۱ = df ,136/0 =P ,523/4-814/0 =%95CI , 919/1 =OR) فراوانی ژنوتیپهای TT، CC و TC در گروه بیمار به ترتیب ۶/۷%، ۳/۶۷% و ۸/۲۸% و در گروه کنترل به ترتیب ۸/۳%، ۷/۸۰% و ۲/۱۹% نفر میباشد که در جدول ۴-۴ قابل مشاهده هستند. قابل ذکر است توزیع ژنوتیپهای rs 4575760 در جمعیت شاهد (۲ =df ,05/0 < p , ۷۴/۱ =۲χ ) و بیمار (۲ =df ,05/0 < p , ۴۲/۱ =۲χ ) از تعادل هاردی - واینبرگ تبعیت میکند.
جدول ۴-۳: ژنوتیپ نمونههای بیمار و شاهد پلیمورفیسم rs 4557760
نمونه مورد مطالعه | TT | TC | CC | |
بیمار |
فرم در حال بارگذاری ...