وبلاگ

که در این روابط:
P_i: فراوانیآلل if: تعداد افراد تعیینژنوتیپ شده
P_j: فراوانی آلل jN: تعداد کل افراد در جامعه
۳-۷-۲- تجزیه و تحلیل ارتباط ژنوتیپ با صفات
در بررسی ارتباط بین ژنوتیپ‌های هر یک از جایگاه‌های ژنی و صفات مورد مطالعه داده‌ها با بهره گرفتن از نرم‌افزار Microsoft Office Excel مرتب شدند و اعداد خارج از محدوده‌ی بیولوژیک حذف شدند. جهت مقایسه فراوانی‌های آللی و ژنوتیپی از آزمون دقیق فیشر و برای بررسی ارتباط بین ژنوتیپ‌ها و صفات تولیدی مورد مطالعه از رویه GLMنرمافزار SAS نسخه ۱/۹ استفاده شد و میانگین‌ها براساس آزمون دانکن مقایسه شدند. مدل آماری مورد استفاده به شرح زیر بود:

Y_ijk =µ + G_i+ P_j + e_ijk
که دراین رابطه Yij: مشاهدات مربوط به صفات مورد مطالعه،µ: میانگین جامعه برای صفت مورد نظر،Gi: اثر iامین ژنوتیپ، Pj: اثر شکم زایش و eijk: اثر خطا تصادفی می‌باشند.
فصل چهارم
نتایج
۴-۱- کمیت و کیفیت DNA استخراج شده
استخراج DNA از نمونه‌های خون با روش نمکی بهینه یافته انجام شد و کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با بهره گرفتن از روش الکتروفورز ژل آگارز ۷/۰ درصد تعیین شد. در شکل ۴-۱ نمونه‌هایی از DNA استخراج شده نشان داده شده است.
شکل ۴-۱- نمونه‌ای از DNA استخراج شده
۴-۲- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژنی مورد مطالعه با تکنیک SSCP
۴-۲-۱- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژن HSP70.1
دو قطعه از منطقه۵`UTR و ۳`UTRژن HSP70.1با طول‌های ۵۳۹ و۲۷۵ جفت بازی توسط آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. الکتروفورز محصولات PCR این جایگاه روی ژل آگارز ۱% و در حضور مارکر سایز ۵۰ جفت بازی انجام شد و صحت تکثیر قطعه مورد نظر تایید شد. نمونه‌ای از محصولات PCR تکثیر شده جایگاه‌های مورد نظر در شکل ۴-۲ و ۴-۳ آمده است.
شکل ۴-۲- محصولات PCR مربوط به جایگاه ۵`UTR ژن HSP70.1
شکل ۴-۳- محصولات PCR مربوط به جایگاه ۳`UTR ژن HSP70.1
در پژوهش حاضر به‌منظور پوشش کامل تمام طول ناحیه تکثیر شده از این تکنیک استفاده شد. برای شناساییچند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در این دو جایگاه از تکنیک SSCP و ژل پلی‌اکریل‌آمید و رنگ‌آمیزی نیترات نقره استفاده شد. نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات پی‌سی‌آر این دو جایگاه توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید ۱۰% در شکل ۴-۴ و ۴-۵ آمده است.
شکل ۴-۴- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR جایگاه ۵`UTR ژن HSP70.1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید ۱۰%.
همانطور که در شکل ۴-۴ دیده می‌شود، درنمونه‌های مورد بررسی نوع ژنوتیپ AA، BB و AB مشاهده شد.
شکل ۴-۵- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR جایگاه ۳`UTR ژن HSP70.1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید ۱۰%
همان‌طور که در شکل ۴-۵ دیده می‌شود، نمونه‌های مورد بررسی از یک الگوی باندی تبعیت می‌کنند و همه‌ینمونه‌ها یک الگوی باند را نشان دادند نتایج الکتروفورز نشان داد که این جایگاه مونومورف می‌باشد.
۴-۲-۲- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژن HSP90AB1
دوقطعه از منطقه اگزون ۳- ۴ و اگزون ۹-۱۰ از ژن HSP90AB1با طول‌های ۴۲۱ و ۳۵۱ جفت بازی توسط آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. الکتروفورز محصولات PCR این جایگاه روی ژل آگارز ۱% و در حضور سایز مارکر ۵۰ جفت بازی انجام شد و صحت تکثیر قطعه مورد نظر تایید شد. نمونه‌ای از محصولات PCR تکثیر شده جایگاه‌های مورد نظر در شکل ۴-۶ و ۴-۷ آمده است.
شکل ۴-۶- محصولاتPCRمربوط به اگزون ۳-۴ ژن HSP90AB1
شکل ۴-۷- محصولات PCR مربوط به اگزون ۹-۱۰ ژن HSP90AB1
در پژوهش حاضر به‌منظور پوشش کامل تمام طول ناحیه تکثیر شده از این تکنیک استفاده شد. برای شناساییچند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در این جایگاه‌ها از تکنیک SSCP و ژل پلی‌اکریل‌آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره استفاده شد. نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات پی‌سی‌آر این دو جایگاه توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید ۱۰% در شکل ۴-۸ و ۴-۹ به تصویر کشیده شده است.
شکل ۴-۸- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR بین اگزون ۳-۴ از ژن HSP90AB1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید ۱۰%
همان‌طور که در شکل ۴-۸ دیده می‌شود در نمونه‌های مورد بررسی دو نوع ژنوتیپ ۱ و ۲ دیده می‌شود.
شکل ۴-۹- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR بین اگزون ۹-۱۰ از ژن HSP90AB1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید ۱۰%
همان‌طور که در شکل ۴-۹ دیده می‌شود، نمونه‌های مورد بررسی از یک الگوی باندی تبعیت می‌کنند و همه‌ینمونه‌ها یک الگوی باند را نشان دادند. نتایج الکتروفورز نشان داد که این جایگاه مونومورف می‌باشد.
۴-۳- بررسی آماری
۴-۳-۱- فراوانی ژنوتیپی و آللی
جهت بررسی ارتباط جایگاه ژنی و عملکردتولیدی، ابتدا حیوانات برای صفت تولید شیر روزانه به دو گروه تقسیم شدند که گروه ۱ دارای ارزش فنوتیپی پایین و گروه ۲ دارای ارزش فنوتیپی بالای در سطح مزرعه هستند. فراوانی‌های ژنوتیپی و آللی برای دوگروه در جایگاه۵`UTR ژن HSP70.1 و منطقه بین اگزون ۳ و ۴ ژن HSP90AB1 به ترتیب در جداول ۴-۱ و ۴-۲ نشان داده شد. در جایگاه ۵`UTR ژن HSP70.1 در دو گروه، ژنوتیپ هموزیگوت AA و آلل A بیش‌ترین فراوانی را داشتند.
جدول ۴-۱- فراوانی آللی و ژنوتیپی جایگاه ۵`UTRژن HSP70.1 در دو گروه